2026/07/07

解説

内部通報制度を導入するデメリット5選。設置するべき理由と設計のポイントまで解説

内部通報制度にはどのようなデメリットがあるのか、導入する前に注意点を把握しておきたいと考える企業のご担当者は少なくありません。

内部通報制度は、不正や法令違反を早期に発見し、企業と従業員を守るための重要な仕組みです。一方で、運用コストや担当者の負担など、導入前に理解しておきたいデメリットもあります。

そこで本記事では、

内部通報制度を導入するデメリット
デメリットを踏まえても導入すべき理由
デメリットを最小化する設計・運用のポイント

について詳しく解説します。内部通報制度の導入や見直しを検討している企業のご担当者にとって参考となる内容です。

そもそも内部通報制度とは？
内部通報制度を導入するデメリット
デメリットを踏まえた上で内部通報制度を設置すべき理由
内部通報制度のデメリットを最小化する設計のポイント
内部通報制度のデメリットに関するよくある質問
内部通報制度の設置・運用は「NaLaLys」

そもそも内部通報制度とは？

内部通報制度とは、企業内で発生した法令違反や不正行為、社内規程違反、ハラスメントなどについて、従業員や役員などが専用の窓口へ通報・相談できる仕組みです。問題を早期に把握して調査・是正につなげることで、不正の拡大防止や企業の信頼維持、自浄作用の発揮を目的としています。

ただし、社内制度上の通報対象と、公益通報者保護法上の「公益通報」として法的に保護される対象は必ずしも一致しません。公益通報として保護されるには、通報対象事実や通報先など、法律上の要件を満たす必要があります。

公益通報者保護法では、常時使用する労働者の数が300人を超える事業者（実務上は301人以上）に、公益通報に対応する体制の整備を義務付けています。ここでいう労働者には、正社員だけでなくパートタイマーや契約社員なども含まれ得ますが、役員は人数算定上の「労働者」には含まれません。300人以下の事業者についても努力義務が課されており、企業規模にかかわらず制度の整備・運用を進めることが望まれます。

内部通報制度の定義や体制整備義務の全体像は、内部通報制度とは？公益通報者保護法2026年施行・体制整備義務から実効性ある運用までの完全ガイドで詳しく解説しています。

内部通報制度を導入するデメリット

内部通報制度は、不正の早期発見やコンプライアンス強化につながる一方で、導入・運用にあたってはいくつかのデメリットもあります。主なデメリットは以下のとおりです。

内部通報制度の研修が必要になる
従業員からの信頼を失う可能性もある
担当者の業務が膨大になる
行政指導や訴訟に発展するリスクがある
設置・運用に相応のコストと工数がかかる

ここでは各デメリットについて解説します。

内部通報制度の研修が必要になる

内部通報制度は、窓口を設置しただけでは十分に機能しません。従業員が制度の存在や利用方法を理解していなければ、問題に気づいても通報につながらないためです。

消費者庁の意識調査によると、内部通報制度について「よく知っている」「ある程度知っている」と回答した就労者は全体の約4割（38.6%）にとどまっています。裏を返せば、多くの就労者にとって、内部通報制度の内容や利用方法は十分に浸透していない可能性があります。

出典：消費者庁「内部通報制度に関する意識調査（就労者1万人アンケート調査）」（2024年）

制度の認知度が低い背景には、企業側の周知や教育が十分に行われていないことが考えられます。たとえば、以下のような対応が不足していると、従業員は制度を利用しにくくなります。

新入社員研修や定期研修で制度の目的を説明していない
通報窓口の連絡先や通報後の流れを周知していない
社内ポータルサイトや社内報で継続的に案内していない

そのため、内部通報制度を導入する際は、制度の内容や利用方法を従業員に理解してもらうための研修・周知が必要です。

従業員からの信頼を失う可能性もある

内部通報制度を導入しても、従業員が通報・相談したにもかかわらず、十分な調査を行わなかったり、対応結果を適切に説明しなかったりすると、従業員からの信頼を失う可能性があります。制度は「設置すること」ではなく、「安心して利用できること」が重要です。

しかし、通報しても十分な調査が行われなかったり、対応結果が不透明だったりすると、従業員は

相談しても意味がない
会社に都合の悪い内容は適切に処理されないのではないか
そもそも自分に不利益が生じるのでは

と感じ、制度そのものへの不信感につながります。

このような不安を払拭するには、通報窓口の独立性を確保するとともに、通報者情報の秘密保持を徹底することが重要です。社内だけで対応が難しい場合は、社外の第三者窓口を設置するなど、安心して利用できる体制を整えることで制度への信頼性を高められます。

担当者の業務が膨大になる

内部通報制度を運用するには、窓口担当者や調査担当者に一定の業務負担が発生します。通報の受付だけでなく、

内容の確認
関係者へのヒアリング
証拠の確認
是正措置の検討

など、対応範囲が広いためです。

また、従業員が制度の目的や通報対象を十分に理解していない場合、本来は内部通報に該当しない相談まで窓口に集まる可能性があります。通報件数が増えすぎると、担当者の負担が大きくなり、重要な通報への対応が遅れるおそれもあります。

内部通報制度を実効的に運用するには、以下のような体制整備が必要です。

窓口担当者や調査担当者の確保
担当者向けの研修
内部規程や対応マニュアルの整備
従業員への周知活動
通報内容を整理・管理する仕組みの導入

社内だけで対応しきれない場合は、外部窓口や通報管理ツールの活用を検討するのも1つの方法です。

行政指導や訴訟に発展するリスクがある

内部通報制度を適切に運用しなければ、行政指導や訴訟に発展する可能性があります。制度を設置しているだけでは十分ではなく、通報者を保護しながら適切に対応することが重要です。

実際に、内部通報を行った従業員に対して配置転換などの不利益な取扱いが行われ、裁判所が企業側の不法行為を認めた事例もあります。このような対応は企業の社会的信用を損なうだけでなく、損害賠償請求などの法的トラブルにつながるおそれがあります。

また、体制整備義務を果たしていない場合や、公益通報者保護法に違反する運用が行われた場合には、行政指導の対象となる可能性もあります。内部通報制度は導入することが目的ではなく、法令に沿って適切に運用し続けることが重要です。

なお、2026年12月1日に施行される改正公益通報者保護法では、公益通報を理由とする解雇・懲戒処分に対する刑事罰の新設や、通報後1年以内の解雇・懲戒処分を公益通報を理由とするものと推定する規定など、通報者保護のルールが一段と強化されます。改正のポイントは公益通報者保護法改正企業対応ガイド。2026年12月施行・義務整備の5つの柱で解説しています。対象企業は、施行に向けて運用体制を早めに見直しておくことが重要です。

内部通報のさまざまな事例は、内部通報の事例10選をタイプ別に紹介でタイプごとに整理して解説しています。

設置・運用に相応のコストと工数がかかる

内部通報制度は、一度窓口を設置すれば終わりではありません。制度を継続的に運用するには、体制整備や担当者の教育、従業員への周知など、さまざまな準備と運用コストが発生します。

窓口設置費	社内・社外の通報窓口の設置、責任者や担当部署の選定
規程整備費	内部通報規程や対応マニュアル、調査フローなどの整備
研修費	通報対応従事者への教育や、全従業員向けの制度周知・研修
社外窓口委託費	法律事務所や専門会社へ委託する場合の委託費用
運用人員費	通報受付、調査、是正措置、再発防止まで対応する担当者の確保

特に担当者が限られる企業では、日常業務と並行して制度を運用しなければならず、負担が大きくなりがちです。ただし、社外窓口や内部通報管理ツールを活用することで、担当者の負担を軽減できる場合もあります。

内部通報窓口の費用や運用ルールは、内部通報窓口の設置と運用。社内・社外・併用の3パターンと費用・運用ルールで詳しく解説しています。

内部通報制度は、継続的に運用してこそ効果を発揮します。しかし、窓口対応や通報内容の整理、記録管理までをすべて社内で行うと、担当者の負担が大きくなりがちです。

NaLaLysのAI通報窓口は、AIが24時間365日、通報の一次受付からヒアリングまでを自動化するサービスです。通報内容を5W1Hで整理・可視化し、担当者は要点を確認するだけで初動対応を進められます。運用負担を軽減しながら、実効性のある内部通報制度を構築したい企業にとって、有力な選択肢となります。
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デメリットを踏まえた上で内部通報制度を設置すべき理由

内部通報制度には、導入や運用に一定の負担が伴います。しかし、それらのデメリットを考慮しても、企業が内部通報制度を整備するメリットは大きいといえます。主な理由は以下のとおりです。

不正の早期発見・未然の防止が可能になる
取引先・社会からの信頼獲得
常時使用する労働者が300人超の事業者は体制整備が義務

ここでは、それぞれの理由について詳しく解説します。

不正の早期発見・未然の防止が可能になる

内部通報制度を整備することで、社内の不正やハラスメントの早期発見・把握が可能です。これは、従業員が問題に気づいた時点で相談できる窓口があれば、不正が長期化・深刻化する前に対応へ移れるためです。

通報を受けた企業は、事実確認や関係者へのヒアリング、証拠保全、是正措置の検討などを進められます。

問題を早期に把握し、必要な調査・是正措置・関係者対応を適切に行うことで、企業への損害や被害者への影響を抑えられる可能性があります。

また、通報できる仕組みがあること自体が、不正やハラスメントの抑止力になる場合もあります。従業員のコンプライアンス意識を高めるうえでも、内部通報制度の整備は重要です。

取引先・社会からの信頼獲得

内部通報制度は、取引先や社会に対して、自社で問題を把握し、是正できる体制があることを示すものでもあります。

制度を整備し、適切に運用している企業は、法令遵守やコンプライアンスを重視している企業として評価されやすくなります。

不正が起きた場合でも、早期に対応できる体制があれば、企業としての信頼低下を抑えることにつながるでしょう。

反対に、不正を放置したり、通報を適切に扱わなかったりすれば、取引停止や採用活動への悪影響、ブランドイメージの低下を招くおそれがあります。内部通報制度は、問題発生時の被害を抑えるだけでなく、企業活動を継続するうえでのリスク管理としても重要です。

常時使用する労働者が300人超の事業者は体制整備が義務

常時使用する労働者が300人を超える事業者（実務上は301人以上）は、公益通報者保護法に基づき、内部公益通報に適切に対応するための体制整備が義務付けられています。これは単に窓口を設置するだけでなく、公益通報対応業務従事者の指定、調査・是正の手順整備、通報者保護、社内周知などを含むものです。ここでいう労働者には、正社員だけでなくパートタイマーや契約社員なども含まれ得ます。

制度を整備していない場合、法令対応が不十分と判断されるおそれがあるため、対象企業は早めに体制を見直すことが重要です。

なお、従業員数300人以下の事業者についても努力義務が課されているため、企業規模にかかわらず内部通報制度の整備を検討する必要があります。

出典：消費者庁「公益通報者保護法に関するQ&A（基本的事項）」

内部通報制度のデメリットを最小化する設計のポイント

内部通報制度のデメリットは、制度設計や運用方法を工夫することで軽減できます。ここで紹介するのは、汎用的な形骸化対策ではなく、先に挙げた5つのデメリット（研修の負担・従業員の不信・担当者の業務増加・行政指導や訴訟のリスク・運用コスト）を直接抑えるための打ち手です。なかでも、通報者が安心して利用できる環境を整えることが、すべてに共通する土台になります。

デメリットを最小化するために押さえておきたいポイントは、以下の3つです。

通報者の秘密保持を徹底する
不利益取扱いの禁止を内部規程に明記し周知する
社内窓口と社外窓口を併用する

ここではそれぞれのポイントについて解説します。

通報者の秘密保持を徹底する

内部通報制度では、通報者の秘密保持を徹底することが重要です。通報者の氏名や所属、通報内容から本人を特定できる情報が漏れると、職場で孤立したり、不利益な取扱いを受けたりするおそれがあります。

そのため、公益通報対応業務に従事する者は、「従事者」としてあらかじめ指定しなければなりません。従事者には、内部公益通報の受付・調査・是正措置に主体的に関与し、公益通報者を特定させる情報を取り扱う者が含まれます。窓口担当者だけでなく、調査責任者や是正措置の判断に関与する担当者なども、実際の役割に応じて指定する必要があります。

従事者には通報者を特定できる情報に関する守秘義務が法律で課されており、違反した場合は刑事罰の対象となります。通報者が安心して利用できる制度にするためにも、情報を取り扱える範囲を限定し、秘密保持を徹底することが重要です。

出典：消費者庁「公益通報者保護法に関するQ&A（罰則その他事項）」

不利益取扱いの禁止を内部規程に明記し周知する

内部通報制度を安心して利用してもらうには、通報を理由とした不利益取扱いを禁止することを、内部規程に明記しておく必要があります。

公益通報者保護法では、公益通報者に対して、解雇や降格、減給などの不利益な取扱いを行うことが禁止されています。制度上のルールとして定めるだけでなく、管理職や人事部門にも具体例を含めて周知することが重要です。

たとえば、以下のような対応は不利益取扱いに該当する可能性があります。

通報を理由に解雇する
降格や減給を行う
不自然な配置転換を命じる
評価や昇進で不利に扱う
職場で孤立するような対応を取る

通報者が「報復されるかもしれない」と感じれば、制度は利用されにくくなります。内部通報制度を機能させるためにも、不利益取扱いの禁止を明文化し、社内全体に浸透させることが大切です。

社内窓口と社外窓口を併用する

内部通報制度を実効性のあるものにするには、社内窓口だけでなく、社外窓口を併用することも有効です。それぞれの窓口には、以下のように異なる役割があります。

社内窓口：社内事情を踏まえた迅速な対応
社外窓口：匿名性・独立性・心理的安全性の確保に加え、経営層や上司、人事部門などが通報対象となる場合の利益相反を回避しやすい

社内窓口は、自社の組織体制や業務内容を把握しているため、関係部署との連携や事実確認を進めやすい点がメリットです。また、外部委託費がかからず、社内リソースで運用できるため、費用を抑えやすい面もあります。

一方で、通報先と通報対象者の距離が近い場合、従業員が通報をためらう可能性があります。担当者の主観や利害関係が判断に影響したり、刑事事件や労働法違反など社内だけでは対応が難しい通報が寄せられたりするケースもあるでしょう。

そのため、社内窓口で迅速な対応を行いながら、匿名性や独立性が求められる案件は社外窓口で受け付けつつ、受付後の調査方針・是正措置・再発防止策については、社内の責任者が関与して適切に判断する体制を整えることが重要です。

内部通報制度をこれから導入する場合の具体的な進め方は、内部通報制度の作り方。導入5ステップと形骸化させない運用で5つのステップに分けて解説しています。

内部通報制度は、窓口を設置するだけでなく、通報内容を適切に整理し、継続的に運用できる体制を整えることが重要です。

NaLaLysのAI通報窓口は、AIが24時間365日対応するだけでなく、匿名・記名を問わず通報者との継続的なコミュニケーションにも対応しています。必要な情報を追加で確認しながら対応を進められるため、匿名性を確保しつつ、実効性のある内部通報制度を構築したい企業におすすめです。
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内部通報制度のデメリットに関するよくある質問

内部通報制度の導入や運用については、「通報が0件でも問題ないのか」「匿名でも身元が分かるのか」など、さまざまな疑問を持つ担当者も少なくありません。ここでは、内部通報制度のデメリットに関してよくある質問と、その回答を紹介します。

通報制度が0件なら問題ないですか？

通報が0件だからといって、社内に問題がないとは限りません。内部通報は不正発見の重要なきっかけの一つであり、通報件数が長期間0件の場合は、窓口の存在が知られていない、通報後の報復を恐れている、匿名性に不安があるなど、制度が利用されにくい状態になっていないかを確認する必要があります。

周知方法の見直しや匿名通報の受付、不利益取扱い禁止の徹底など、利用しやすい環境づくりが重要です。定期的に制度の認知度や利用しやすさを確認し、必要に応じて改善を続けることが重要です。通報が0件・低調な状態が形骸化のサインなのかは、他社の運用実態と照らすと判断しやすくなります。内部通報制度の形骸化の実態や最新の調査データは、内部通報制度の実態を最新調査で解説で確認できます。

内部通報は匿名でも通報者がバレますか？

匿名で通報しても、通報内容や発生日時、関係者などの情報から通報者が推測される可能性はあります。

ただし、適切に運用されている内部通報制度では、通報者を特定できる情報は限られた担当者のみが取り扱い、法律に基づく守秘義務によって保護されます。通報者の不安を軽減するためには、秘密保持を徹底した運用体制を整えることが重要です。

悪用・虚偽の通報にはどう対応すればいいですか？

悪用や虚偽の通報が疑われる場合でも、先入観を持たずに事実関係を確認することが重要です。明らかに悪意のある虚偽通報については内部規程に基づいて対応する余地がありますが、企業側が安易に「虚偽」「悪意」と決めつけると、通報者保護に反する対応と評価されるおそれがあります。まずは客観的な事実確認を行い、虚偽性や悪意性を慎重に判断することが重要です。

また、匿名通報は事実確認や追加のヒアリングが難しくなる場合もあるため、匿名性を確保しつつ、必要に応じて通報者と連絡を取れる仕組みを整えておくことが望ましいでしょう。

従業員300人以下の企業でも内部通報制度は必要ですか？

従業員300人以下の事業者は、公益通報者保護法における体制整備の努力義務の対象です。そのため、法律上の義務ではありませんが、不正やハラスメントを早期に把握する仕組みとして、制度を整備することが望ましいといえます。

近年は取引先からコンプライアンスや人権への対応を求められるケースも増えており、企業規模を問わず導入を検討する価値があります。

内部通報制度を外部に委託する場合、どのような選択肢がありますか？

主な選択肢は、法律事務所、通報窓口の専門会社、専用の通報管理ツールなどです。法律事務所は法的判断や守秘義務に基づく対応に強い一方、顧問弁護士を窓口にする場合は、会社側との関係から通報者が独立性に不安を感じる可能性もあります。専門会社はWebフォームやアプリ、多言語対応など運用面の柔軟さが強みです。外部窓口を選定する際は、専門性だけでなく、利益相反の有無や通報者から見た利用しやすさも確認することが望まれます。

外部委託を行う場合でも、受付後の調査や是正措置まで丸投げできるとは限りません。社内の責任者や対応フローもあわせて決めておくことが重要です。